Z rozcestí na Propadlých vodách pokračuje trasa společně s částí naučné stezky Svatojánský okruh až do Svatého Jana pod Skalou. Odtud se stezka vrací podél Kačáku přes Hostim a od jeho ústí po levém břehu Berounky: Dále se postupuje pod skalami Na Bříči, zpět do Srbska. Kromě úvodní je na tomto základním okruhu naučné stezky 12 zastávek s informačními tabulemi.

Druhá větev naučné stezky umožňuje začít trasu pod Budňanskou skalou u mostu v Karlštejně a pokračovat kolem hradu Karlštejn, Dubu bratří a Královské studánky ke Kubrychtově boudě, kde se napojuje na hlavní tah přicházející ze Srbska. Tento okruh z Karlštejna má pět zastavení a turisté na něm urazí celkovou délku 4,5 km.

Část naučné stezky z Karlštejna do Svatého Jana pod Skalou, kde je možné se občerstvit,vede po trase jedné z nejstarších značených turistické cest v Čechách vyznačené v roce 1889 a pojmenované na počest Vojty Náprstka.

Při prohlídce celé naučné stezky s počátkem cesty v Karlštejně se urazí celkem 13,7 km a po celé délce trasy je instalováno 20 informačních panelů. Prohlídka této delší varianty stezky trvá asi 5 hodin. Stezka je vhodná pouze pro pěší návštěvníky, úsek ze Sv. Jana kolem Kačáku do Srbska je vhodný i pro cyklisty.