Budova, jak ji známe dnes, je směsicí různých architektonických stylů - najdeme zde románské, gotické, renesanční, barokní a historizující prvky. Podle kronik a výzkumů byl původní kostel postaven v 10. století. Mělnická kostnice v kryptě kostela spolu s kostnicí v Sedlci u Kutné Hory patří k největším v Čechách. Obsahuje pozůstatky 10 000–15 000 lidí a byla vytvořena ve 30. letech 19. století. Zařídil to v současné podobě profesor Jindřich Matiegka. Pomíjivost života zde kontrastuje s postavami z kostí a lebek - kříže, kotvy a srdce, symboly víry, naděje a lásky.